SeattleSeq è una programma di filtering e annotation che integra i risultati di altri programmi e database allo scopo di produrre predizioni su varianti genetiche nuove e conosciute. SettaleSeq produce punteggi relativi al grado di conservazione evolutiva delle regione genomica coinvolta, riporta la predizioni di Polyphen e i riporta i dati riguardo la frequenza HapMap. Fra gli altri, SeattleSeq rè in grado di interrogare dbSNP attraverso il Genome Variation Sever.
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